Всі існуючі методи згущення проб базуються на одному з трьох фізичних процесів: седиментації, центрифугуванні, фільтрації через мікропористі фільтри.
Метод седиментації. Пляшки (фляги) з альгологічними пробами охайно, без струшування виставляються в темному прохолодному місці. Через 10-12 днів воду над водоростями, що осіли, збирають сифоном, залишаючи над осадом шар води 5-8 см. Залишок проби (об'ємом приблизно 100 мл) переливають до посуду меншого об'єму, відстоюють протягом 5-7 діб і повторно проводять процедуру відсифонювання, доводячи кінцевий об'єм до 10 см3 проби переливають в пеніцилінові склянки, додають 2-3 краплі формальдегіду і зберігають у прохолодному місці.
Сифон являє собою скляну трубку довжиною 20-25 см та діаметром 12-15 мм, закриту млиновим газом (№77), на яку з другого кінця одягається гумова трубка довжиною 70-80 см.
Безперечною перевагою даного методу над іншими є його простота та висока репрезентативність отриманих результатів. Недоліками методу є певна громіздкість та неможливість отримання експрес-даних. Це викликано двотижневим часовим інтервалом, протягом якого в посуді проходить
седиментація фітопланктону. Незважаючи на певні недоліки, даний метод є найбільш розповсюдженим у сучасних гідроекологічних дослідженнях.
Метод Утермеля. Цей метод є близьким до методу седиментації. Суть методу полягає в тому, що паралельно з седиментацію фітопланктону за допомогою інвертируваного (перевернутого) мікроскопа його ж конструкції (Utermohl, 1958) в спеціальних циліндрах, дно яких є водночас і лічильною камерою, підраховуються водорості. Незважаючи на простоту та певну швидкість опрацювання проб, даний метод не отримав широкого розповсюдження в гідроекологічних дослідженнях. Це викликано труднощами в придбанні інвертированих мікроскопів, які в нашій країні не випускаються.
Метод центрифугування. Найбільш швидким методом згущення альгологічних проб є метод центрифугування. Для достатнього осадження фітопланктону потужність центрифуги повинна становити не менш як 1500-3000 обертів/хвилину. Як і кожен з методів концентрування проб, метод центрифугування має свої позитиви і негативи.
Позитиви:
а) центрифугуються живі водорості планктону;
б) водорості концентруються в невеликому (декілька см3) об'ємі;
в) відібрана за допомогою градуйованої піпетки аліквота (для розміщення в лічильній камері) адекватна всій альгологічній пробі;
г) за рахунок осадження водоростей об'єм відібраної проби може бути зменшений до 100-300 мл.
Негативи:
а) інструментальна похибка, що визначається самою будовою центрифуги, часом, центрифугування тощо;
б) зупинка центрифуги призводить до утворення завихрень води, які можуть піднімати водорості з осаду;
в) руйнування водоростей при центрифугуванні, їх прилипання до стінок центрифужних пробірок;
г) утворення щільного осаду водоростей, який важко розглядати під мікроскопом при визначенні окремих клітин;
д) втрата певної частини водоростевих організмів при перенесенні осаду з центрифужної пробірки до лічильної камери.
Метод фільтрації. Найбільш портативним, швидким методом згущення альгологічних проб (до 200 разів від об'єму відібраної проби) є метод їх фільтрації через дрібнопористі фільтри.
Простота апаратного забезпечення: колба Бунзена об'ємом 1,0-2,0 дм3 фільтрувальна воронка, дрібнопористі фільтри, вакуумна гумова трубка, вакуумний насос, що створює розрідження 1-3 атмосфери, дозволяє використовувати метод фільтрації в експедиційних умовах (Гусєва, 1956; Кузьмин, 1975).
Різновидністю метода фільтрації з використанням вакуумного розрідження є метод фільтрації під тиском (Кузьмин, 1975).
Найбільш поширеними та доступними фільтрами, що використовуються для фільтрації, є мембранні фільтри з діаметром пор 1,2-2,5 мкм. Також можна використовувати ядерні фільтри з відповідним діаметром пор. Фільтри з більшим діаметром пор використовувати не бажано через можливість значної втрати нанопланктонних форм водоростей.