Станції спостережень, на яких необхідно відбирати проби фітопланктону, повинні, з одного боку, в найбільш повній мірі віддзеркалювати природні характеристики досліджуваної водойми, а з іншого, - давати можливість оцінки можливого антропогенного впливу.
Основними природними характеристиками водойм є: її морфометрія, глибоководні і мілководні ділянки, їх співвідношення, впадаючи (витікаючи) річки, струмки, затоки. Для водосховищ важливим е виділення озерних, озерно-річкових і річкових ділянок. В цілому вибір станцій спостережень повинен в найбільш повній мірі характеризувати різнорідні ділянки водойми, що дозволить оцінити її екологічний стан (Ганьшина, 1983: Гусєва, 1959; Израэль, 1984).
При виборі станцій спостережень щодо оцінки антропогенного впливу на водну екосистему можливо три варіанти:
1) дослідження проводяться на водних екосистемах, де методом експертної оцінки не встановлено реальні джерела антропогенного забруднення. В цьому випадку метод вибору станцій спостережень аналогічний вищеприведеному опису;
2) джерело забруднення є точковим, або обмеженим в просторі: скидні канали ГРЕС, ТЕС, промислових комплексів, очисних споруд, ділянки водойм, де приводяться різні типи гідротехнічних робіт (видобуток піску, будівництво дамб, мостів тощо). Просторовий розподіл станцій в повній мірі повинен охопити як ділянки водойми, де безпосередньо реєструється антропогенний вплив, так і ті, де він відсутній (контрольні). Співставлення даних, отриманих на контрольних станціях, і станціях, де реєструється вплив антропогенного чинника, дозволить оцінити ступінь впливу на водну екосистему.
В разі, коли спостереження проводяться на річкових екосистемах чи водосховищах, гідроекологічний режим яких характеризується чітко вираженою течією, контрольна станція повинна бути розміщена вище від джерела забруднення. Наступна станція розміщується в місці максимального антропогенного впливу (наприклад, початок стічного каналу), а наступні - вниз за течією, по візуально чи інструментальне встановленому сліду (шлейфу) викидів.
При комплексному антропогенному впливі, що формується декількома точковими джерелами, або джерело забруднення є розсіяним (великі міста, промислові комплекси), виділяються декілька полігонів, на яких відповідно розміщуються станції спостережень:
- полігон, де антропогенний вплив на водну екосистему мінімальний:
- полігон, де антропогенний вплив на водну екосистему максимальний;
- полігон, де вегетація фітопланктону відбувається в специфічних умовах.